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Gene id | 26038 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Summary SNPs Protein Summary Gene ontology KEGG pathways Diseases PubMed references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Summary |
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Gene Symbol | CHD5 Gene UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aliases | CHD-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene name | chromodomain helicase DNA binding protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternate names | chromodomain-helicase-DNA-binding protein 5, ATP-dependent helicase CHD5, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene location |
1p36.31 (28861439: 28861368) Exons: 1 NC_000017.11 |
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Gene summary(Entrez) |
This gene encodes a member of the chromodomain helicase DNA-binding protein family. Members of this family are characterized by a chromodomain, a helicase ATP-binding domain and an additional functional domain. This gene encodes a neuron-specific protein that may function in chromatin remodeling and gene transcription. This gene is a potential tumor suppressor gene that may play a role in the development of neuroblastoma. [provided by RefSeq, Feb 2012] |
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OMIM | 610771 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs |
rs12082745 Strand: Allele origin: Allele change: A/G Mutation type: snp CM000663.2 g.6104220G>A NC_000001.10 g.6164280G>A NC_000001.11 g.6104220G>A NM_015557.2 c.*1254C>T XP_005263606.1 p.Pro209Leu rs12758341 Strand: Allele origin: Allele change: A/G Mutation type: snp CM000663.2 g.6101899G>A NC_000001.10 g.6161959G>A NC_000001.11 g.6101899G>A NG_047091.1 g.114602G>A NM_015557.2 c.*3575C>T rs17436816 Strand: Allele origin: Allele change: A/G Mutation type: snp CM000663.2 g.6144101G>A NC_000001.10 g.6204161G>A NC_000001.11 g.6144101G>A NM_015557.2 c.1857C>T NP_056372.1 p.Tyr619= rs1883603 Strand: Allele origin: Allele change: C/T Mutation type: snp CM000663.2 g.6152881G>A NC_000001.10 g.6212941G>A NC_000001.11 g.6152881G>A NM_015557.2 c.746-345C>T rs2092507 Strand: Allele origin: Allele change: C/T Mutation type: snp CM000663.2 g.6104348G>A NC_000001.10 g.6164408G>A NC_000001.11 g.6104348G>A NM_015557.2 c.*1126C>T XP_005263606.1 p.Gly166= rs9434741 Strand: Allele origin: Allele change: A/G Mutation type: snp CM000663.2 g.6157799A>G NC_000001.10 g.6217859A>G NC_000001.11 g.6157799A>G NM_015557.2 c.387+1537T>C |
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Protein Summary |
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Protein general information | Q8TDI0 Name: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 5 (CHD-5) (EC 3.6.4.12) (ATP-dependent helicase CHD5) Length: 1954 Mass: 2,23,050 Tissue specificity: Preferentially expressed in total brain, fetal brain, and cerebellum. It is also moderately expressed in the adrenal gland and detected in testis. {ECO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
MRGPVGTEEELPRLFAEEMENEDEMSEEEDGGLEAFDDFFPVEPVSLPKKKKPKKLKENKCKGKRKKKEGSNDEL SENEEDLEEKSESEGSDYSPNKKKKKKLKDKKEKKAKRKKKDEDEDDNDDGCLKEPKSSGQLMAEWGLDDVDYLF SEEDYHTLTNYKAFSQFLRPLIAKKNPKIPMSKMMTVLGAKWREFSANNPFKGSSAAAAAAAVAAAVETVTISPP LAVSPPQVPQPVPIRKAKTKEGKGPGVRKKIKGSKDGKKKGKGKKTAGLKFRFGGISNKRKKGSSSEEDEREESD FDSASIHSASVRSECSAALGKKSKRRRKKKRIDDGDGYETDHQDYCEVCQQGGEIILCDTCPRAYHLVCLDPELE KAPEGKWSCPHCEKEGIQWEPKDDDDEEEEGGCEEEEDDHMEFCRVCKDGGELLCCDACPSSYHLHCLNPPLPEI PNGEWLCPRCTCPPLKGKVQRILHWRWTEPPAPFMVGLPGPDVEPSLPPPKPLEGIPEREFFVKWAGLSYWHCSW VKELQLELYHTVMYRNYQRKNDMDEPPPFDYGSGDEDGKSEKRKNKDPLYAKMEERFYRYGIKPEWMMIHRILNH SFDKKGDVHYLIKWKDLPYDQCTWEIDDIDIPYYDNLKQAYWGHRELMLGEDTRLPKRLLKKGKKLRDDKQEKPP DTPIVDPTVKFDKQPWYIDSTGGTLHPYQLEGLNWLRFSWAQGTDTILADEMGLGKTVQTIVFLYSLYKEGHSKG PYLVSAPLSTIINWEREFEMWAPDFYVVTYTGDKESRSVIRENEFSFEDNAIRSGKKVFRMKKEVQIKFHVLLTS YELITIDQAILGSIEWACLVVDEAHRLKNNQSKFFRVLNSYKIDYKLLLTGTPLQNNLEELFHLLNFLTPERFNN LEGFLEEFADISKEDQIKKLHDLLGPHMLRRLKADVFKNMPAKTELIVRVELSQMQKKYYKFILTRNFEALNSKG GGNQVSLLNIMMDLKKCCNHPYLFPVAAVEAPVLPNGSYDGSSLVKSSGKLMLLQKMLKKLRDEGHRVLIFSQMT KMLDLLEDFLEYEGYKYERIDGGITGGLRQEAIDRFNAPGAQQFCFLLSTRAGGLGINLATADTVIIYDSDWNPH NDIQAFSRAHRIGQNKKVMIYRFVTRASVEERITQVAKRKMMLTHLVVRPGLGSKSGSMTKQELDDILKFGTEEL FKDDVEGMMSQGQRPVTPIPDVQSSKGGNLAASAKKKHGSTPPGDNKDVEDSSVIHYDDAAISKLLDRNQDATDD TELQNMNEYLSSFKVAQYVVREEDGVEEVEREIIKQEENVDPDYWEKLLRHHYEQQQEDLARNLGKGKRIRKQVN YNDASQEDQEWQDELSDNQSEYSIGSEDEDEDFEERPEGQSGRRQSRRQLKSDRDKPLPPLLARVGGNIEVLGFN ARQRKAFLNAIMRWGMPPQDAFNSHWLVRDLRGKSEKEFRAYVSLFMRHLCEPGADGAETFADGVPREGLSRQHV LTRIGVMSLVRKKVQEFEHVNGKYSTPDLIPEGPEGKKSGEVISSDPNTPVPASPAHLLPAPLGLPDKMEAQLGY MDEKDPGAQKPRQPLEVQALPAALDRVESEDKHESPASKERAREERPEETEKAPPSPEQLPREEVLPEKEKILDK LELSLIHSRGDSSELRPDDTKAEEKEPIETQQNGDKEEDDEGKKEDKKGKFKFMFNIADGGFTELHTLWQNEERA AVSSGKIYDIWHRRHDYWLLAGIVTHGYARWQDIQNDPRYMILNEPFKSEVHKGNYLEMKNKFLARRFKLLEQAL VIEEQLRRAAYLNMTQDPNHPAMALNARLAEVECLAESHQHLSKESLAGNKPANAVLHKVLNQLEELLSDMKADV TRLPSMLSRIPPVAARLQMSERSILSRLTNRAGDPTIQQGAFGSSQMYSNNFGPNFRGPGPGGIVNYNQMPLGPY VTDI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structural information |
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Other Databases | GeneCards: CHD5;  Malacards: CHD5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene ontology |
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Diseases
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PubMed references |
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