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Gene id | 80781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Summary SNPs Protein Summary Gene ontology KEGG pathways Diseases PubMed references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Summary |
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Gene Symbol | COL18A1 Gene UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aliases | KNO, KNO1, KS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene name | collagen type XVIII alpha 1 chain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternate names | collagen alpha-1(XVIII) chain, antiangiogenic agent, collagen alpha-1(XVIII) chain isoform 1 preproprotein, collagen, type XVIII, alpha 1, endostatin, multi-functional protein MFP, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene location |
21q22.3 (45405136: 45513719) Exons: 43 NC_000021.9 |
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Gene summary(Entrez) |
This gene encodes the alpha chain of type XVIII collagen. This collagen is one of the multiplexins, extracellular matrix proteins that contain multiple triple-helix domains (collagenous domains) interrupted by non-collagenous domains. A long isoform of the protein has an N-terminal domain that is homologous to the extracellular part of frizzled receptors. Proteolytic processing at several endogenous cleavage sites in the C-terminal domain results in production of endostatin, a potent antiangiogenic protein that is able to inhibit angiogenesis and tumor growth. Mutations in this gene are associated with Knobloch syndrome. The main features of this syndrome involve retinal abnormalities, so type XVIII collagen may play an important role in retinal structure and in neural tube closure. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2014] |
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OMIM | 120328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs |
rs12483377 Strand: Allele origin: G(germline)/A(germline) Allele change: A/G Mutation type: snp CM000683.2 g.45511195G>A NC_000021.8 g.46931109G>A NC_000021.9 g.45511195G>A NG_011903.1 g.111004G>A NG_028278.2 g.56949C>T NM_030582.3 c.4309G>A NM_130444.2 c.5014G>A NM_130445.2 c.3769G>A NM_130445.3 c.3769G>A NP_085059.2 p.Asp1437Asn NP_569711.2 p.Asp1672Asn NP_569712.2 p.Asp1257Asn XP_005261235.1 p.Asp1441Asn XP_005261236.1 p.Asp1429Asn XP_005261237.1 p.Asp1408Asn XP_005261238.1 p.Asp1261Asn XP_005261239.1 p.Asp1253Asn Clinical Significance: Pathogenic |
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Protein Summary |
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Protein general information | P39060 Name: Collagen alpha 1(XVIII) chain [Cleaved into: Endostatin] Length: 1754 Mass: 178,188 Tissue specificity: Present in multiple organs with highest levels in liver, lung and kidney. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
MAPYPCGCHILLLLFCCLAAARANLLNLNWLWFNNEDTSHAATTIPEPQGPLPVQPTADTTTHVTPRNGSTEPAT APGSPEPPSELLEDGQDTPTSAESPDAPEENIAGVGAEILNVAKGIRSFVQLWNDTVPTESLARAETLVLETPVG PLALAGPSSTPQENGTTLWPSRGIPSSPGAHTTEAGTLPAPTPSPPSLGRPWAPLTGPSVPPPSSGRASLSSLLG GAPPWGSLQDPDSQGLSPAAAAPSQQLQRPDVRLRTPLLHPLVMGSLGKHAAPSAFSSGLPGALSQVAVTTLTRD SGAWVSHVANSVGPGLANNSALLGADPEAPAGRCLPLPPSLPVCGHLGISRFWLPNHLHHESGEQVRAGARAWGG LLQTHCHPFLAWFFCLLLVPPCGSVPPPAPPPCCQFCEALQDACWSRLGGGRLPVACASLPTQEDGYCVLIGPAA ERISEEVGLLQLLGDPPPQQVTQTDDPDVGLAYVFGPDANSGQVARYHFPSLFFRDFSLLFHIRPATEGPGVLFA ITDSAQAMVLLGVKLSGVQDGHQDISLLYTEPGAGQTHTAASFRLPAFVGQWTHLALSVAGGFVALYVDCEEFQR MPLARSSRGLELEPGAGLFVAQAGGADPDKFQGVIAELKVRRDPQVSPMHCLDEEGDDSDGASGDSGSGLGDARE LLREETGAALKPRLPAPPPVTTPPLAGGSSTEDSRSEEVEEQTTVASLGAQTLPGSDSVSTWDGSVRTPGGRVKE GGLKGQKGEPGVPGPPGRAGPPGSPCLPGPPGLPCPVSPLGPAGPALQTVPGPQGPPGPPGRDGTPGRDGEPGDP GEDGKPGDTGPQGFPGTPGDVGPKGDKGDPGVGERGPPGPQGPPGPPGPSFRHDKLTFIDMEGSGFGGDLEALRG PRGFPGPPGPPGVPGLPGEPGRFGVNSSDVPGPAGLPGVPGREGPPGFPGLPGPPGPPGREGPPGRTGQKGSLGE AGAPGHKGSKGAPGPAGARGESGLAGAPGPAGPPGPPGPPGPPGPGLPAGFDDMEGSGGPFWSTARSADGPQGPP GLPGLKGDPGVPGLPGAKGEVGADGVPGFPGLPGREGIAGPQGPKGDRGSRGEKGDPGKDGVGQPGLPGPPGPPG PVVYVSEQDGSVLSVPGPEGRPGFAGFPGPAGPKGNLGSKGERGSPGPKGEKGEPGSIFSPDGGALGPAQKGAKG EPGFRGPPGPYGRPGYKGEIGFPGRPGRPGMNGLKGEKGEPGDASLGFGMRGMPGPPGPPGPPGPPGTPVYDSNV FAESSRPGPPGLPGNQGPPGPKGAKGEVGPPGPPGQFPFDFLQLEAEMKGEKGDRGDAGQKGERGEPGGGGFFGS SLPGPPGPPGPPGPRGYPGIPGPKGESIRGQPGPPGPQGPPGIGYEGRQGPPGPPGPPGPPSFPGPHRQTISVPG PPGPPGPPGPPGTMGASSGVRLWATRQAMLGQVHEVPEGWLIFVAEQEELYVRVQNGFRKVQLEARTPLPRGTDN EVAALQPPVVQLHDSNPYPRREHPHPTARPWRADDILASPPRLPEPQPYPGAPHHSSYVHLRPARPTSPPAHSHR DFQPVLHLVALNSPLSGGMRGIRGADFQCFQQARAVGLAGTFRAFLSSRLQDLYSIVRRADRAAVPIVNLKDELL FPSWEALFSGSEGPLKPGARIFSFDGKDVLRHPTWPQKSVWHGSDPNGRRLTESYCETWRTEAPSATGQASSLLG GRLLGQSAASCHHAYIVLCIENSFMTASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structural information |
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Other Databases | GeneCards: COL18A1;  Malacards: COL18A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene ontology |
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KEGG pathways
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hsa04974 Protein digestion and absorption | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diseases
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PubMed references |
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